Osmanlı döneminde önce Anadolu eyaletine, sonra Hüdavendigar vilayetine bağlı; merkezi Bilecik olan Ertuğrul sancağına bağlı Söğüt kazasına bağlı bir köy olan İnönü, Kurtuluş Savaşı'nda 1. ve 2. İnönü Muhabereleri'nin geçtiği yerdir. 1920 yılında Yunan işgaline uğrayan ve 4 Eylül 1922'de işgalden kurtulan İnönü köyü, 1923'te il yapılan Bilecik'in Söğüt ilçesine bağlı köy oldu. 1926 yılında Söğüt'ten ayrılan Bozüyük ilçesine bağlı bucak merkezi olan İnönü, 1963'te Eskişehir'in merkez ilçesine bağlandı. İnönü, 1987 yılında ilçe oldu.

İnönü ayrıca Türk Kurtuluş Savaşı'nda önemli bir yere sahiptir. Ulu Önder Mustafa Kemal’in Garp Cephesi Komutanı İsmet Paşaya çektiği telgrafta da belirttiği gibi “Türk'ün Makus Talihinin Yenildiği Yerdir.” .İnönü 16 ay Yunan işgalinde kalmış, Yunanlıların İzmir’de denize dökülmesi ile 4 Eylül 1922'de bu işgal sona ermiştir.